1、司法鉴定是民事诉讼法规定的七种证据之一，没有“法庭证据”这个概念。依据是民诉法第63条。 

2、《协议书》被篡改，即违背甲方的意思表示，相关部分或全部（视详细情况）属于可撤销、可变更合同的情况，而不是无效。关于合同无效的情况，民法通则和合同法有明确的规定，主要是那些损害国家和公共利益的情况。依据是合同法第54条。 

3、如果你说的“内容和格式有明显不符合甲方利益的约束补充条款”是篡改的，可以要求撤销或变更。依据是合同法第54条。 

4、“某单位的印章是后盖上去的，之前没有印章，该合同”可以请求撤销。 

备注：合同条款确实不公平，可以根据合同法第54-56条的相关规定去主张合同条款的变更或撤销： 

第54条 下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销： 

1、因重大误解订立的； 

2、在订立合同时显失公平的。 

一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。 当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。 

第55条 有下列情形之一的，撤销权消灭： 

具有撤销权的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内没有行使撤销权； 具有撤销权的当事人知道撤销事由后明确表示或者以自己的行为放弃撤销权。 

第56条 无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。